バイオ系だけどプログラミング始めました

ImageJ (Fiji)の使い方や Python でのプログラミングなどを、主にバイオ系の研究者・大学院生向けに書いていこうと思います。

このブログについて

このブログには ImageJ と Python を用いた解析について技術的なところを色々書いていく予定です。

 

環境等

私が使っている PC は基本的に Windows8.1(64-bit)で、解説も WindowsPC での内容になります。ImageJ と Python のどちらも WindowsMacLinux どのOSでも動作するように作られているので他のOSを使われている人でも問題ありません。ただ、微妙な違いがあるかもしれません。

 特に断らない場合、ImageJ と書いた時には ImageJ Fiji を指します。

特に断らない場合、PythonPython 3.6 の Anaconda を前提として書いています。

 

 謝辞

私は、ImageJ FIji と PythonJython)による解析を、新学術領域 少数性生物学(平成23-27年)が主催した第3回少数性生物学トレーニングコースで教わりました。したがって、少数性生物学トレーニングコースで学んだ内容を元に記述した部分が多くあります。少数生物学の領域の方々、特に ImageJ と Python での解析の実習でお世話になりました三浦先生と新井先生に感謝いたします。

少数性生物学の領域の先生方が執筆された書籍が出版されています。従来の生化学でなされてきたバルクの状態での議論では扱えない分子生物学の問題について記述されてい(ると思い)ます。僕はまだ読んでいないですが良書であること間違いないと思います。