バイオ系だけどプログラミング始めました

ImageJ (Fiji)の使い方や Python でのプログラミングなどを、主にバイオ系の研究者・大学院生向けに書いていこうと思います。

バイオ系だけど Python を始めよう

Python って?

Pythonプログラミング言語で、近年最もよく使われるプログラミング言語のひとつになっています。

Python - Wikipedia

 

特徴として、

フリーで使うことができ、オープンソースソフトウェアであるため内部での計算がクリアである。

・短い行数でプログラムをシンプルに書くことができ、書いたプログラムが読みやすい。

WindowsMacLinux などの多くのプラットフォームに対応している。

・行列計算、グラフのプロット、データ分析、機械学習などのライブラリが充実している。

 

などが挙げられます。

これらの特徴があるため、プログラミング初心者が研究のためのツールとして学ぶのに最適な言語であると言えます。また、他の記事で今後紹介する予定ですが Python を用いることで、ImageJ に機能の追加をしたり、ImageJ でルーチンの画像処理を自動で行うためのプログラムを書くことができます*1

 

 

Google などの企業でも Python はよく使用されています。あなたがよく使う web サービスも裏方のほうでは Python が支えているかもしれません。

また、タンパク質の立体構造描写によく使われる PyMol は名前に "Py" が付いていることからわかりますが、Python によって作れれたプログラムです。

 

Anaconda について

Anaconda というのは Python の配布形態の一種で、Python 本体に加えて、よく使われるライブラリ("汎用性の高い複数のプログラムを再利用可能な形でひとまとまりにしたもの" ライブラリ - Wikipedia より)を一括でインストールできます。

このライブラリのインストールというのは厄介で、特に Windows でのインストールはちょっと面倒です。それ以外の MacOSLinux でもインストールするライブラリのバージョンやインストールの順番で躓いてしまうこともしばしばあります。

なので Anaconda をインストールすることをお勧めします。

 Anaconda 万歳\(^o^)/

 

Anaconda のインストール

以下のページから各々のOSに応じたものをインストールしましょう。

Python のバージョンが 2.73.6 がありますが(記事執筆時、2017年6月時点)、3.6の方をインストールすることをお勧めします。

この二つのバージョンについてですが、3.6の方が上位互換というわけではなく、ちょこちょこ細かい違いがあったり、廃止された関数があったりします。古いバージョンの2.7系にしか対応していないライブラリ等もありますが、使用頻度の高い主要なものは3.6で動作しますし、3系への移行を公式に推奨されています。また、3.6の Anaconda をインストールした後で2.7系の仮想的な環境を作ることもできます。

 

なので(2.7でしか動かないライブラリをどうしても使いたいという事情がない限りは)3.6をインストールしましょう

 

詳しいインストールの方法は今後書く予定ですが、基本的にはwindowsの場合には適当にクリックすればインストールできます。以下のリンクを参考にすればインストールできます。

qiita.com

 

 Python に関しては以下の書籍が入門書としてよく紹介されています。欠点は厚すぎる点でしょうか。

 

*1:実はこれから紹介する Python とは微妙に異なるのですが表面上は大体同じです