バイオ系だけどプログラミング始めました

ImageJ (Fiji)の使い方や Python でのプログラミングなどを、主にバイオ系の研究者・大学院生向けに書いていこうと思います。

ImageJ Fiji のインストールと Fiji

 目次

 

ImageJ について

ImageJとは、Java というプログラミング言語で書かれた画像解析のためのソフトウェアです。

ImageJ - Wikipedia

 

ImageJ はオープンソースソフトウェア、つまり、どういういう仕組みでプログラムが書かれているかが公開されています*1Java で書かれているので、OS に依存せず WindowsMacLinux 上で同様に動作することが特徴です。

オープンソースで、かつ誰もが自由に使うことができ、プログラムが画像をどういう処理をしているかが明確なので科学技術計算に向いているため、広く使われています。ImageJ は元々はNIHで開発されたため、生命科学系のツールが豊富で、生命科学系の分野でのデファクトスタンダードとなっています。

 

 

Fiji について

Fiji はその ImageJ の種類の内の一つで、元々の ImageJ に様々な機能が追加されているパッケージです。オープンソースである ImageJ は、研究者・開発者により機能の追加が容易にできます。Fiji is just ImageJ (Fiji こそがまさに ImageJ だ)と表現されるように、Fiji はオープンソースである ImageJ の利点を最大限に活かして多くの機能が追加され、まとめられています。

Fiji をインストールすれば多くの機能を利用することができます。例えば、超解像顕微鏡の一つであるSTOMのデータ解析のためのプラグインが含まれています。また、Java 以外のプログラミング言語で ImageJ を操作したり機能の追加をする機能も付属しています。

 

うだうだ書きましたが、生物化学・生命科学分野で画像を扱うなら、ImageJ を使えば大体オッケーだし、基本的には Fiji はノーマルの ImageJ の上位互換なので Fiji をインストールすれば間違いはないです。

 

Fiji のインストール

imagej.net

 Windows へのインストールについて

上のリンクの Downloads から、32-bitか64-bitか自分のOSにあったものをクリックしてダウンロードしましょう。ダウンロードしたファイルを解凍すると ImageJ-win64(もしくは32).exe というファイルがあるのでそれをダブルクリックして開けば使えます。簡単でしょ?

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後はフォルダを適当な場所に移動させましょう。ImageJ の公式は、C:\user\[user name]\ の下にImageJのフォルダを置くことを勧めています。

 

Mac へのインストールについて

上のリンクの Downloads から、macOS を選んでダウンロードしましょう。dmgという仮想イメージがダウンロードされるので、dmgファイルを開いて出てきたファイルを選んで Application フォルダにコピーしましょう。f:id:shatoshi:20170607232250j:plain

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Linux へのインストールについて

わざわざ Linux を使うような変態人はコンピュータの操作に詳しいと思うので、説明が必要だとは思わないので省きます。まぁそんなに難しくはないでしょう。

 

ImageJについての書籍やリンク

ImageJ の使い方については「ImageJで始める画像解析」という本が良書です。画像データの基本などの初心者向けの内容から入り、生物系の顕微鏡画像の具体的な定量解析や、有用なプラグインの活用法まで書いています。

 

 

また、基本的な使い方は、以下のリンクが参考になります。

今後このブログにも使い方を書いていく予定です。

imagej.net

seesaawiki.jp

*1:オープンソースと一口に言っても色々ライセンスの種類があるのですがそれは置いときます