バイオ系だけどプログラミング始めました

ImageJ (Fiji)の使い方や Python でのプログラミングなどを、主にバイオ系の研究者・大学院生向けに書いていこうと思います。

ImageJ Fiji の役に立つショートカット

ImageJ のショートカットの確認

ショートカットが設定されていれば画像のように、コマンドの右の方に表示されます。

f:id:shatoshi:20170608032607j:plain

また、Plugins > Shortcuts からショートカットを確認したり、自分でショートカットを設定したりできます。

 

使用頻度の高い覚えておくと便利なコマンド

・「L」でコマンドの検索。

 

f:id:shatoshi:20170608184559j:plain

使用頻度ナンバーワン。やりたいことは分かってるんだけどメニューのどこにあるのか分からない時に便利。コマンドを選択すれば実行でき、Menu Path にどこにコマンドがあるかが書いてある。Class を見ればどのクラスを import すれば良いかが分かるので scripting にも便利。

また、コマンドを選択して Source を押すことで Source のページにに飛ぶことができる。

 

・Ctrl + Shift +「O」で数字・アルファベット順で次のファイルを開く。

どうしても作業を自動化できない時には、幾つかのファイルを効率的に処理する必要が出てくる。そういう時に使うけど、1、2、3、・・・、11、 とファイルがあると1の次に11が開かれるので、01、02というファイル名で保存するのが良いと思います。

 

・Shift + 「D」で Duplicate。

 画像処理をトライ&エラーで色々試すときには、元画像を開いた後 Duplicate して作業するのが良い。Ctrl + 「Z」でもとに戻すことのできない作業は割と多い。あと、Duplicate しても元の画像ファイルが増えるわけではない。

 

・範囲選択して「T」で、ROI Manager に追加。

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・範囲選択して「M」で、Measure。

 

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・Ctrl + Shift + 「N」でテキストウィンドウを開く

スクリプトを書くときにはよく使うかも。