はじめに

僕は2017年現在、生物系の大学院で博士課程の学生として研究を行っています。主に顕微鏡観察や生化学的な解析をして、運動する分子の性質を調べています。

このブログには、僕が研究で身に着けてきたテクニック、特にプログラミングや画像処理について記していこうと思います。特に、ImageJ（Fiji）と Python を用いた解析や解析の効率化について書いてく予定です。

・研究室きまってザックリしたテーマは決まった。顕微鏡で観察をすることになったけど、この ImageJ ってソフトの使い方がよくわからない・・・・・・。

・研究を頑張っていたけど、自分がやりたい解析をするには、100個以上の画像やデータを解析する必要がある・・・・・・心が折れそうだ。

そんなあなた、画像解析の基礎的な知識と軽い初歩的なプログラミングができればこれらの問題は解決します。しかし、大学で生物系の専攻だと、なかなかプログラミングを基礎から学んだりする機会も少ないですし、どう役に立つか分からない状態では身につきづらいです。

バイオ系であっても、プログラミングができればできる解析の幅が広がります。多数の実験結果を自動で、定量的に解析し、実験結果だけでなく軽いシミュレーションなんかもできると良い研究になるでしょう。自動的に解析するプログラムが作れたら、解析に使っていた時間を論文を読むのに使ったり、別な実験をしたり、休んだりするのに使えるでしょう。

バイオ系の院生・研究者のあなた、プログラミングはじめてみませんか？