バイオ系だけどプログラミング始めました

ImageJ (Fiji)の使い方や Python でのプログラミングなどを、主にバイオ系の研究者・大学院生向けに書いていこうと思います。

2017-06-12から1日間の記事一覧

画像データの基本

目次 目次 そもそも画像データってなんなのさ? カラー画像 画像データの種類 そもそも画像データってなんなのさ? とりあえず下の絵を見てください。 左のウィンドウがお米の写真(EMBL の Sample 画像、EMBL > Samples > rice.tiff で開ける)で、右のウィ…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(前編)

目次 目次 ImageJ と Python ImageJ で動かす Python の特徴(この項目は意味が分からなければ読み飛ばしてもかまいません) ImageJ で Python を動かそう 1. Hello World! 2. 計算 ImageJ と Python ImageJ Fiji には画像解析のためのプラグインのほかに、…

ImageJ で米粒(細胞)を数えて解析しよう。

目次 目次 概要 動画 米粒の画像を開く 閾値を決める バックグラウンドの減算 米粒のカウントと定量的解析 謝辞 概要 ImageJ には色んな機能がありますが、一方で使い始めたばかりの時はコマンドの多さに圧倒されてしまいます。目的の解析をするためにいった…