バイオ系だけどプログラミング始めました

ImageJ (Fiji)の使い方や Python でのプログラミングなどを、主にバイオ系の研究者・大学院生向けに書いていこうと思います。

Python

10分でできる ImageJ 自動化

目次 目次 この記事について マクロの記録と実行 フォルダの中の画像に対して同じ処理をする 簡単に解説 この記事について この記事では、細かい仕組みなどは脇に置いといて ImageJ での解析のついて記述します。主に ImageJ のマクロと Python(Jython)で…

バイオ系だけどまずはプログラムを動かしてみよう

目次 目次 この記事について ターミナルやコマンドプロンプトから Python を動かす Python のスクリプトを書いて動かす テキストエディタや統合開発環境を活用しよう Jupyter notebook を活用しよう Jupyter notebook の使用例 この記事について この記事で…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(後編)

目次 目次 後編について 8. モジュールのインポート 9. 画像データを扱う imagePlus 練習問題 10. ImageJ の機能を活用する 11. 例1. 砂嵐のような画像を作る 12. 例2. 米粒のカウントを複数の 画像に対して自動で行う 後編について さて、これまで前編と中…

ランダムな砂嵐画像を作る ImageJ + Python のプログラム

目次 目次 ランダムな砂嵐画像を作るプログラムのコード コードの解説 random ライブラリ ByteProcessor IntByteConverter コードの流れ 実行例 追記 6/27 動画ver 実行例 動画ver 解説 ランダムな砂嵐画像を作るプログラムのコード ImageJ + Python のプロ…

ImageJ + Python の活用例:自動米粒解析プログラム

目次 目次 米粒自動解析プログラムの概要 コード 練習問題 米粒自動解析プログラムの概要 satoshithermophilus.hatenablog.com 上の記事で解説した米粒の解析を自動化した Jython script です。 フォルダを選ぶダイアログを開き、 フォルダ内の tif 画像をす…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(中編)

目次 目次 前回の記事 ImageJ で Python を動かそう の続き 3. 文字列 練習問題 1 4. リスト 5. 繰り返し(for) 6. 条件分岐(if) 練習問題2 7. 関数の定義 まとめ まとめの練習問題 次の記事 前回の記事 satoshithermophilus.hatenablog.com ImageJ で Py…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(前編)

目次 目次 ImageJ と Python ImageJ で動かす Python の特徴(この項目は意味が分からなければ読み飛ばしてもかまいません) ImageJ で Python を動かそう 1. Hello World! 2. 計算 ImageJ と Python ImageJ Fiji には画像解析のためのプラグインのほかに、…

はてなブログに Jupyter notebook を載せるテスト

ブログに Jupyter notebook を載せるためのテスト。 Download as でmarkdownをダウンロードして、はてなブログで markdown 形式の編集を選択してコピペした。 print("Hello World!") Hello World! モジュールのインポート。 import numpy as np from matplot…

バイオ系だけど Python を始めよう

Python って? Python はプログラミング言語で、近年最もよく使われるプログラミング言語のひとつになっています。 Python - Wikipedia 特徴として、 ・フリーで使うことができ、オープンソースソフトウェアであるため内部での計算がクリアである。 ・短い行…