バイオ系だけどプログラミング始めました

ImageJ (Fiji)の使い方や Python でのプログラミングなどを、主にバイオ系の研究者・大学院生向けに書いていこうと思います。

ImageJ

10分でできる ImageJ 自動化

目次 目次 この記事について マクロの記録と実行 フォルダの中の画像に対して同じ処理をする 簡単に解説 この記事について この記事では、細かい仕組みなどは脇に置いといて ImageJ での解析のついて記述します。主に ImageJ のマクロと Python(Jython)で…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(後編)

目次 目次 後編について 8. モジュールのインポート 9. 画像データを扱う imagePlus 練習問題 10. ImageJ の機能を活用する 11. 例1. 砂嵐のような画像を作る 12. 例2. 米粒のカウントを複数の 画像に対して自動で行う 後編について さて、これまで前編と中…

ランダムな砂嵐画像を作る ImageJ + Python のプログラム

目次 目次 ランダムな砂嵐画像を作るプログラムのコード コードの解説 random ライブラリ ByteProcessor IntByteConverter コードの流れ 実行例 追記 6/27 動画ver 実行例 動画ver 解説 ランダムな砂嵐画像を作るプログラムのコード ImageJ + Python のプロ…

ImageJ + Python の活用例:自動米粒解析プログラム

目次 目次 米粒自動解析プログラムの概要 コード 練習問題 米粒自動解析プログラムの概要 satoshithermophilus.hatenablog.com 上の記事で解説した米粒の解析を自動化した Jython script です。 フォルダを選ぶダイアログを開き、 フォルダ内の tif 画像をす…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(中編)

目次 目次 前回の記事 ImageJ で Python を動かそう の続き 3. 文字列 練習問題 1 4. リスト 5. 繰り返し(for) 6. 条件分岐(if) 練習問題2 7. 関数の定義 まとめ まとめの練習問題 次の記事 前回の記事 satoshithermophilus.hatenablog.com ImageJ で Py…

画像データの基本

目次 目次 そもそも画像データってなんなのさ? カラー画像 画像データの種類 そもそも画像データってなんなのさ? とりあえず下の絵を見てください。 左のウィンドウがお米の写真(EMBL の Sample 画像、EMBL > Samples > rice.tiff で開ける)で、右のウィ…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(前編)

目次 目次 ImageJ と Python ImageJ で動かす Python の特徴(この項目は意味が分からなければ読み飛ばしてもかまいません) ImageJ で Python を動かそう 1. Hello World! 2. 計算 ImageJ と Python ImageJ Fiji には画像解析のためのプラグインのほかに、…

ImageJ で米粒(細胞)を数えて解析しよう。

目次 目次 概要 米粒の画像を開く 閾値を決める バックグラウンドの減算 米粒のカウントと定量的解析 謝辞 概要 ImageJ には色んな機能がありますが、一方で使い始めたばかりの時はコマンドの多さに圧倒されてしまいます。目的の解析をするためにいったいど…

ImageJ Fiji の役に立つショートカット

ImageJ のショートカットの確認 ショートカットが設定されていれば画像のように、コマンドの右の方に表示されます。 また、Plugins > Shortcuts からショートカットを確認したり、自分でショートカットを設定したりできます。 使用頻度の高い覚えておくと便…

ImageJ Fiji のインストールと Fiji

目次 目次 ImageJ について Fiji について Fiji のインストール Windows へのインストールについて Mac へのインストールについて Linux へのインストールについて ImageJについての書籍やリンク ImageJ について ImageJとは、Java というプログラミング言語…