バイオ系だけどプログラミング始めました

ImageJ (Fiji)の使い方や Python でのプログラミングなどを、主にバイオ系の研究者・大学院生向けに書いていこうと思います。

ブログの目次

このブログについて ImageJ ImageJ の画像解析について解説 ImageJ Fiji のインストールと Fiji 画像データの基本 ImageJ で米粒(細胞)を数えて解析しよう 10分でできる ImageJ 自動化 ImageJ + Python ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう…

タンパク質の進化と温度の話 [今年読んだ一番好きな論文2017]

今年読んだ一番好きな論文2017にエントリーしたので、論文紹介の記事をブログに書いてみようと思います。 adventar.org このブログで論文紹介もしたいなあと思っていたんですけど、就活と研究で色々忙しくって書けてなかったのでこれを機にもうちょっと書き…

10分でできる ImageJ 自動化

目次 目次 この記事について マクロの記録と実行 フォルダの中の画像に対して同じ処理をする 簡単に解説 この記事について この記事では、細かい仕組みなどは脇に置いといて ImageJ での解析のついて記述します。主に ImageJ のマクロと Python(Jython)で…

バイオ系だけどまずはプログラムを動かしてみよう

目次 目次 この記事について ターミナルやコマンドプロンプトから Python を動かす Python のスクリプトを書いて動かす テキストエディタや統合開発環境を活用しよう Jupyter notebook を活用しよう Jupyter notebook の使用例 この記事について この記事で…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(後編)

目次 目次 後編について 8. モジュールのインポート 9. 画像データを扱う imagePlus 練習問題 10. ImageJ の機能を活用する 11. 例1. 砂嵐のような画像を作る 12. 例2. 米粒のカウントを複数の 画像に対して自動で行う 後編について さて、これまで前編と中…

ランダムな砂嵐画像を作る ImageJ + Python のプログラム

目次 目次 ランダムな砂嵐画像を作るプログラムのコード コードの解説 random ライブラリ ByteProcessor IntByteConverter コードの流れ 実行例 追記 6/27 動画ver 実行例 動画ver 解説 ランダムな砂嵐画像を作るプログラムのコード ImageJ + Python のプロ…

ImageJ + Python の活用例:自動米粒解析プログラム

目次 目次 米粒自動解析プログラムの概要 コード 練習問題 米粒自動解析プログラムの概要 satoshithermophilus.hatenablog.com 上の記事で解説した米粒の解析を自動化した Jython script です。 フォルダを選ぶダイアログを開き、 フォルダ内の tif 画像をす…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(中編)

目次 目次 前回の記事 ImageJ で Python を動かそう の続き 3. 文字列 練習問題 1 4. リスト 5. 繰り返し(for) 6. 条件分岐(if) 練習問題2 7. 関数の定義 まとめ まとめの練習問題 次の記事 前回の記事 satoshithermophilus.hatenablog.com ImageJ で Py…

画像データの基本

目次 目次 そもそも画像データってなんなのさ? カラー画像 画像データの種類 そもそも画像データってなんなのさ? とりあえず下の絵を見てください。 左のウィンドウがお米の写真(EMBL の Sample 画像、EMBL > Samples > rice.tiff で開ける)で、右のウィ…

ImageJ Fiji + Python で画像解析プログラムを書こう(前編)

目次 目次 ImageJ と Python ImageJ で動かす Python の特徴(この項目は意味が分からなければ読み飛ばしてもかまいません) ImageJ で Python を動かそう 1. Hello World! 2. 計算 ImageJ と Python ImageJ Fiji には画像解析のためのプラグインのほかに、…

ImageJ で米粒(細胞)を数えて解析しよう。

目次 目次 概要 動画 米粒の画像を開く 閾値を決める バックグラウンドの減算 米粒のカウントと定量的解析 謝辞 概要 ImageJ には色んな機能がありますが、一方で使い始めたばかりの時はコマンドの多さに圧倒されてしまいます。目的の解析をするためにいった…

はてなブログに Jupyter notebook を載せるテスト

ブログに Jupyter notebook を載せるためのテスト。 Download as でmarkdownをダウンロードして、はてなブログで markdown 形式の編集を選択してコピペした。 print("Hello World!") Hello World! モジュールのインポート。 import numpy as np from matplot…

このブログについて

このブログには ImageJ と Python を用いた解析について技術的なところを色々書いていく予定です。 環境等 私が使っている PC は基本的に Windows8.1(64-bit)で、解説も WindowsPC での内容になります。ImageJ と Python のどちらも Windows・Mac・Linux …

覚えておくと役に立つ Windows のショートカット・コマンド

あまり知らない人も多いかもしれないけど役に立つショートカット ・Ctrl + Shift +「N」で新しいフォルダを作る。 ・「F2」もしくは Fn +「F2」でリネーム。 ・Ctrl + 「W」でウィンドウを閉じる。 割とみんな知ってる基本的なショートカット ・Ctrl +「C」…

ImageJ Fiji の役に立つショートカット

ImageJ のショートカットの確認 ショートカットが設定されていれば画像のように、コマンドの右の方に表示されます。 また、Plugins > Shortcuts からショートカットを確認したり、自分でショートカットを設定したりできます。 使用頻度の高い覚えておくと便…

バイオ系だけど Python を始めよう

Python って? Python はプログラミング言語で、近年最もよく使われるプログラミング言語のひとつになっています。 Python - Wikipedia 特徴として、 ・フリーで使うことができ、オープンソースソフトウェアであるため内部での計算がクリアである。 ・短い行…

Link 集

生命系の大学院生・研究者のためのLink集を備忘録もかねて作っておきます。特に Python や ImageJ やその他のツールの使い方で参考になるページや、勉強や知識の確認のために使えるページを集めます。

ImageJ Fiji のインストールと Fiji

目次 目次 ImageJ について Fiji について Fiji のインストール Windows へのインストールについて Mac へのインストールについて Linux へのインストールについて 論文への引用 ImageJについての書籍やリンク ImageJ について ImageJとは、Java というプロ…

はじめに

僕は2017年現在、生物系の大学院で博士課程の学生として研究を行っています。主に顕微鏡観察や生化学的な解析をして、運動する分子の性質を調べています。 このブログには、僕が研究で身に着けてきたテクニック、特にプログラミングや画像処理について記して…